光绪六年十月初十(1880年11月12日),陈垣出生在广东省广州府新会县石头乡富冈里一个药商家庭 。少年时,他受“学而优则仕”的儒家思想影响。陈垣自幼嗜好读书,《书目问答》《四库全书总书目》两部目录学著作引领他走上学问之路。陈垣17岁时曾赴京参加科举考试却落选,21岁时获新会县试第一。 后以经世致用为宗旨治学。
光绪三十一年(1905年),在孙中山领导的民主革命影响下,陈垣和几位青年志士在广州创办了《时事画报》,宣传反帝爱国思想。
光绪三十二年(1906年),陈垣因进行反清斗争,被清政府抓捕,为躲避追捕,陈垣回到新会老家担任篁村小学教师。他到职后,承包了学校大部分课程,他不仅教学生国文、算学等基础课程,而且还教学生体操和唱歌。
光绪三十三年(1907年),陈垣先后在振德中学和义育学堂教国文和历史课程。
宣统三年(1911年)辛亥革命爆发,陈垣和康仲荦创办《震旦日报》及其副刊《鸡鸣录》,以迎接革命,在办报和学习医学过程中,陈垣以笔作枪,写了大量时文。
民国元年(1912年),陈垣被选为中华民国众议院议员。由于议员是专职性质,他来到北京定居。到北京后,陈垣突然发现了太多有利的读书条件,不少年轻时根本不敢想象的书籍能随时看到,让他一下眼界大开,特别是民国四年(1915年)接触到从承德入京收藏的文津阁《四库全书》后。作为年轻的参议员,陈垣精明能干、文才极好,得到了当时交通系首领梁士诒的赏识,先后在梁士诒主持的税务处、内国公债局、毛革改良会等机构任职。 因政局混乱,潜心于治学和任教。他曾在一段时期内信仰宗教,故从民国六年(1917年)开始,陈垣发奋著述中国基督教史,于是有《元也里可温考》之作。陈垣认为,中国基督教初为唐代的景教,以次为元代的也里可温教、明代的天主教、清以后的耶稣教。所谓“也里可温”,是元代基督教的总称。元亡,也里可温就绝迹于中国。但作为宗教史来说,它又是世界宗教史的一个组成部分。陈垣这一著作不但引起中国文学界的注意,也受到国际学者和宗教史研究专家的重视。
从民国六年(1917年)到民国三十四年(1945年)的近三十年,陈垣在宗教史、元史以及历史年代学、避讳学、校勘学等领域,作了许多开创性的或总结性的工作。这些与故宫博物院丰富的档案文献收藏息息相关,其中对《四库全书》、明清档案的利用,构成了他这一时期著作的特色之一。
民国十二年(1923年)起,陈垣开始在燕京大学任教,初为讲师。
民国十三年(1924年),冯玉祥驱逐溥仪出宫。11月20日,清室善后委员会成立,李煜瀛为委员长,在李煜瀛的推荐下,陈垣任常务委员,主持常务工作。
民国十四年(1925年)10月10日,故宫博物院成立,陈垣任理事会理事兼图书馆馆长,图书馆分图书、文献两部,沈兼士、袁同礼副之,正式履行新式博物馆所赋予的典藏、保管、陈列、研究和出版等职责。
民国十五年(1926年)3月至民国十七年(1928年)6月期间,故宫博物院在北洋军阀皖、直、奉等支持的临时执政府肘腋下,先后历经四次改组,包括维持员、保管委员会、维持会及管理委员会等四个时期,陈垣在这一过程中勉力维持,发挥了极其重要的作用。 9月,陈垣受聘为公教大学副校长;之后,陈垣一直在北京辅仁大学教授学生国文、历史等课程,既使在担任北京辅仁大学校长之后。
民国二十六年(1937年),卢沟桥事变爆发后,北平被日军侵占。陈垣身处危境,坚决与敌斗争。
民国二十七年(1938年)5月,日本侵略军攻占华北重镇徐州之后,日伪政府强迫北平全市悬挂日伪国旗,并强令群众上街游行,以示庆祝。辅仁大学及其附属中学坚决拒绝执行挂旗、游行等无理要求。结果日伪震怒,强令辅仁大学及附属中学停课3天,并多次派人找校长陈垣“质问”。陈垣回答道:“我们国土丧失,只有悲痛,要庆祝,办不到!” 坚决不挂旗,不游行,与日伪不屈抗争。
陈垣在元史、历史文献学、宗教史等领域皆有精深研究,留下了十几种专著、百余篇论文的丰富遗产。陈垣主要的著述有《元西域人华化考》《校勘学释例》《史讳举例》及《通鉴胡注表微》等,另有《陈垣学术论文集》行世。陈垣与陈寅恪并称为“史学二陈”,二陈又与吕思勉、钱穆并称为“史学四大家”。 他的许多著作成为史学领域的经典,有些被翻译为英、日文,在美国、德国、日本出版。
民国十五年(1926年)至1952年,任辅仁大学校长。1949年以前,他还担任过京师图书馆馆长、故宫博物院图书馆馆长。1949年后,任中国科学院历史研究所第二所所长。1952年至1971年,任北京师范大学校长。
在上个世纪六十年代那场大动乱,陈垣被软禁。197